Der Honig wird von den Bienen im Honigraum gelagert. Dort befinden sich halbhohe Waben. Sobald die Honigwaben zu einem Großteil verdeckelt sind, kann der Imker davon ausgehen, dass der Honig reif für die Ernte ist. Trotzdem sollte sicherheitshalber der Wassergehalt des Honigs mit einem Refraktometer überprüft werden. Liegt der Wassergehalt bei max. 18%, kann der Honig in der Bio-Imkerei geerntet werden.
Um die Entnahme der Honigwaben für die Bienen und den Imker möglichst stressfrei zu gestalten, wird zwischen dem Brutraum und dem Honigraum eine sogenannte Bienenflucht eingelegt. Ein oder zwei Tage später sind alle Bienen aus dem Honigraum in den Brutraum hinuntergewandert und die Honigwaben können entnommen werden.